Pembentukan Badan Pengembangan Infrastruktur Wilayah (BPIW) pada tahun 2015 merupakan inovasi kelembagaan di bidang perencanaan dan pemrograman infrastruktur PUPR berbasis pengembangan wilayah. Sebelum dibentuknya BPIW, fungsi perencanaan dan pemrograman infrastruktur PUPR dilakukan melalui koordinasi antara unit kerja di masing-masing unit organisasi Kementerian PUPR (Direktorat Bina Program) serta Biro Perencanaan dan Kerja Sama Luar Negeri yang mengacu pada perencanaan tata ruang yang disiapkan oleh Direktorat Jenderal Penataan Ruang. Lahirnya BPIW merupakan respon kelembagaan Kementerian PUPR pada institusi tingkat Eselon I untuk memadukan pengembangan infrastruktur dan pengembangan wilayah.

Pendekatan wilayah dalam pembangunan infrastruktur telah diawali dengan lahirnya gagasan Prof. Sutami tahun 1970-an yang menyampaikan bahwa pembangunan infrastruktur secara cepat, serentak, dan konsisten akan mampu mengembangkan wilayah. Selanjutnya, pendekatan pengembangan wilayah dilanjutkan oleh Dr. Poernomosidhi yang memberikan kontribusi pemikiran lahirnya konsep hirarki infrastruktur dengan kota sebagai pusat pelayanan jasa distribusi. Pada era 1990-an, konsep pengembangan wilayah lebih diperkenalkan sebagai pendekatan untuk mengatasi kesenjangan antarwilayah. Pemikiran pengembangan wilayah kemudian berkembang dengan ditetapkannya Undang-Undang tentang Penataan Ruang pada Tahun 1992. Setelah reformasi penataan ruang yang dituangkan dalam Undang-Undang No. 26 Tahun 2007 tentang Penataan Ruang, keterpaduan pembangunan infrastruktur wilayah dengan pengembangan kawasan lebih diperkuat dari sisi pelaksanaan dan pengendaliannya. Untuk itu, dalam rangka optimalisasi pelaksanaan keterpaduan rencana dan program pembangunan infrastruktur PUPR dibentuk instansi BPIW tingkat Eselon I di lingkungan Kementerian PUPR.

Dalam siklus manajemen organisasi Kementerian PUPR berdasarkan konsep POAC (planning, organizing, actuating, controlling), BPIW berperan dalam menjamin fungsi keterpaduan perencanaan pembangunan infrastruktur PUPR (planning) dan sinkronisasi program (programming) sektor sumber daya air, bina marga, cipta karya, dan perumahan. BPIW merespon isu pembangunan dalam skala dan lingkup yang berbeda terkait keterpaduan antarsektor, antarwilayah, dan antartingkat pemerintahan. BPIW dibentuk untuk menghasilkan rencana yang terpadu, program yang sinkron, serta infrastruktur wilayah yang harmoni dengan berbagai pengembangan kawasan sehingga terwujud keseimbangan pembangunan antarsektor, antarwilayah, dan antartingkat pemerintahan, serta pertumbuhan ekonomi yang tinggi dan berkelanjutan.